روغن ماهی معمولاً از انواع خاصی از ماهی‌ها استخراج می‌شود که غنی از اسیدهای چرب امگا-۳ هستند. برخی از مهم‌ترین گونه‌های ماهی که به عنوان منبع روغن ماهی استفاده می‌شوند عبارتند از:

1. ماهی خال‌مخالی (Sardine): این ماهی‌های کوچک و چرب به خاطر محتوای بالای امگا-۳ بسیار محبوب هستند.
2. ماهی تن (Tuna): معمولاً از گونه‌های بزرگتری از ماهی تن مانند تن زرد (Yellowfin) استخراج می‌شود.
3. ماهی قزل‌آلا (Salmon): این ماهی‌های چرب علاوه بر طعم عالی، منبع خوبی از روغن ماهی هستند.
4. ماهی ساردین (Mackerel): این ماهی‌ها نیز سرشار از اسیدهای چرب امگا-۳ هستند.
5. ماهی آنچوی (Anchovy): از این ماهی‌ها به عنوان منبع دیگری برای استخراج روغن ماهی استفاده می‌شود.

این ماهی‌ها به دلیل محتوای بالا و خواص مفید اسیدهای چرب امگا-۳، به طور گسترده‌ای در تولید مکمل‌ها و روغن‌های غذایی بکار می‌روند.