۱. اشریشیا کلی (E. coli): این باکتری می‌تواند از طریق محیط آلوده و تماس با سطوح کثیف وارد تخم شود و باعث عفونت‌های مختلف گردد.

۲. سالمونلا: باکتری‌های سالمونلا می‌توانند از طریق آلودگی محیطی یا سطوح انبار تخم به داخل نفوذ کنند و مشکلاتی در هچینگ ایجاد کنند.

۳. استافیلوکوکوس: این باکتری معمولاً از طریق دست‌ها یا مواد آلوده به تخم منتقل می‌شود و می‌تواند باعث عفونت‌های باکتریایی شود.

۴. پزودوموناس: این باکتری در محیط‌های مرطوب و گرم رشد کرده و ممکن است از طریق منافذ پوست به محتوای داخلی تخم نفوذ کند.

۵. باسیلوس: نوع دیگری از باکتری که می‌تواند در شرایط مناسب پوسته تخم شترمرغ را آلوده کرده و کیفیت جوجه‌کشی را تحت تأثیر قرار دهد.

۶. کلی فرم‌ها: این گروه باکتری‌ها اغلب در محیط‌های آلوده یا با تماس با فضولات حیوانی به تخم‌ها وارد می‌شوند.

برای جلوگیری از آلودگی‌های باکتریایی، رعایت بهداشت در تمامی مراحل از جمع‌آوری تا جوجه‌کشی بسیار مهم است.