استفاده از پروبیوتیک در خوراک ماهی و آبزیان دارای مزایای فراوانی است. اول از همه، پروبیوتیک‌ها به بهبود سلامت دستگاه گوارش آبزیان کمک می‌کنند و باعث افزایش کارایی جذب مواد مغذی می‌شوند که به رشد بهتر و سریع‌تر منجر می‌شود. دوم، این ترکیبات می‌توانند سیستم ایمنی ماهی‌ها و دیگر آبزیان را تقویت کرده و آنها را در برابر بیماری‌های مختلف مقاوم‌تر سازند.

سوم، استفاده از پروبیوتیک‌ها می‌تواند به کاهش نیاز به استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها کمک کند و خطر توسعه مقاومت به آنتی‌بیوتیک را کاهش دهد. نهایتاً، پروبیوتیک‌ها می‌توانند بهبود کیفیت آب را از طریق کاهش آلودگی و بهینه‌سازی فرآیندهای بیولوژیک در استخرها و محیط‌های پرورش ماهی فراهم آورند.